LAGUNET è un'associazione senza fini di lucro e ha per scopo la promozione dello studio degli ambienti acquatici di transizione, ovvero delle lagune, delle zone umide costiere e delle foci fluviali. A tal fine si propone di promuovere, favorire e organizzare:

• iniziative di studio e di ricerca riguardanti gli ambienti acquatici di transizione, ovvero le lagune, le zone umide costiere e le foci fluviali, in connessione con i relativi bacini idrografici e le aree marine costiere antistanti, anche attraverso il confronto e la cooperazione fra ricercatori e con i soggetti incaricati della gestione di detti ambienti;
• la circolazione dell'informazione scientifica tra gli associati e tra analoghe associazioni nazionali ed estere;
• l'incontro fra il mondo della ricerca, quello della tecnica e delle professioni, le amministrazioni e tutte le autorità competenti, per far sì che le conoscenze acquisite siano rese disponibili e utilizzate per le scelte gestionali e nelle fasi esecutive;
• il consolidamento della consapevolezza nel mondo scientifico e nelle amministrazioni competenti della specificità dell'ecologia degli ambienti acquatici di transizione e delle problematiche gestionali connesse;
• iniziative e attività finalizzate a sensibilizzare l'opinione pubblica sull'importanza delle lagune, delle zone umide costiere e delle foci fluviali, nonchè sulle relative attività di ricerca e sulle loro necessità, ed in genere promuovere la divulgazione della conoscenza e l'informazione a riguardo;
• congressi, convegni, conferenze, seminari, dibattiti, tavole rotonde e simili;
• la formazione e l'aggiornamento con corsi, borse di studio e simili;
• la diffusione degli studi e delle informazioni concernenti gli ambiti d'interesse dell'associazione.